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年代表記は486～404万年前は486万年前から404万年前の間と読む。億年前は古生代と中生代および新生代、万年前は新生代だけを示す。その年代区分は地質時代区分表を参照。
魚類の系統分類
- Kingdom 動物界
- Phylum 脊索動物門
- Subphylum 脊椎動物亜門
- Superclass 無顎類 (最古の魚類、ヌタウナギ、ヤツメウナギなど) 無顎魚
- Class 翼甲綱 (初期の無顎類; 4.768～3.761億年前)
- Order プテラスピス目 (4.66～3.881億年前)
- Order アランダスピス目 (4.768～4.575億年前)
- Order 異甲目 (4.79～3.761億年前)
- Class テロードゥス綱 (顎口上綱に近い種; 4.605～4.091億年前)
- Class 欠甲綱 (ヤツメウナギの先祖)
- Class ピトゥリアスピス綱 (装甲円口類)
- Class 骨甲綱 (骨装甲円口類)
- Class ヌタウナギ綱
- Class 頭甲綱 (4.262億年前～)
- Order ヤツメウナギ目 (3.761億年前～)
- Infraphylum 顎口上綱 (有顎類)
- Class 板皮綱 (絶滅種のグループ; 4.181～2.45億年前) 板皮魚
- Order 節頸目 (4.181～2.45億年前)
- Order レナニウス目 (4.091～3.919億年前)
- Order 胴甲目 (3.919～3.761億年前)
- Order プティクトドゥス目 (3.837～3.607億年前)
- Class 軟骨魚綱 (エイ、サメ; 4.66億年前～) 軟骨魚
- Subclass 全頭亜綱
- Order ペタロダス目 (3.394～1.996億年前)
- Order ユージノダス目 (3.12～2.497億年前)
- Order ギンザメ目 (2.795億年前～)
- Subclass 板鰓亜綱 (4.091億年前～)
- Order クテナカンタス目 (4.091～1.557億年前)
- Order ツェナカンサス目 (先史代のサメ; 2.99～0.655億年前)
- Order ヒボダス目 (1.965～0.935億年前)
- Superorder エイ上目
 エイ
- Order ガンギエイ目 (アカエイ、トビエイ)
- Order ノコギリエイ目
- Order シビレエイ目
- Superorder サメ上目
 サメ
- Order シムモリウム目 (3.45～2.725億年前)
- Order ネコザメ目 (1.677億年前～)
- Order ツノザメ目 (1.677億年前～)
- Order ノコギリザメ目 (0.858億年前～)
- Order カスザメ目 (1.402億年前～)
- Order カグラザメ目 (1.896億年前～)
- Order テンジクザメ目 (ジンベエザメ; 1.677億年前～)
- Order メジロザメ目 (トラザメ、シュモクザメ、ドチザメ; 1.677億年前～)
- Order ネズミザメ目 (ウバザメ、ホホジロザメ; 1.402億年前～)
- Order キクザメ目 (1.12億年前～)
- Class 棘魚綱 (絶滅種のグループ; 4.213～2.55億年前) 棘魚
- Order クリマティウス目 (4.213～3.181億年前)
- Order アカントーデス目 (4.091～2.84億年前)
- Superclass 硬骨魚綱
- Class 肉鰭綱 (四肢形類、シーラカンス、ハイギョ; 4.229億年前～) 肉鰭魚
- Subclass 四肢形亜綱 (四肢形類) ⇒ Class 両生類
- Order リゾドゥス目
- Order ポロレピス目
- Order エルピストステゲ目
- Order パンダリチス目
- Order オステオレピス目
- Subclass シーラカンス亜綱 (シーラカンス)
- Subclass 肺魚亜綱 (ハイギョ; 4.123億年前～)
- Order ディプノリンクス目 (4.091～3.607億年前)
- Order ケラトドゥス目 (2.165億年前～)
- Order レピドシレン目
- Class 条鰭綱 (ほとんどの現存魚類; 4.213億年前～) 条鰭魚
- Order パラエオニスクス目 (4.213～1.12億年前)
- Order セミオノダス目 (2.37～0.655億年前)
- Order パキコルムス目 (1.965～0.706億年前)
- Order アスピドリンクス目 (1.677～0.655億年前)
- Subclass 軟質亜綱 (1.3億年前～)
- Order ポリプテルス目 (6550万年前～)
- Order チョウザメ目 (1.3億年前～)
- Subclass 新鰭亜綱 (2.51億年前～)
- Infraclass 全骨下綱
- Order ガー目 (1.455億年前～)
- Order アミア目 (2.37億年前～)
- Infraclass 真骨類 (ほとんどの現存魚類)
- Superorder アロワナ上目
- Order イクチオデクテス目 (1.557～0.655億年前)
- Order アロワナ目 (アロワナ,ピラルクー; 1.455億年前～)
- Suborder ナギナタナマズ亜目
- Suborder アロワナ亜目
- Order ヒオドン目
- Superorder カライワシ上目
- Order カライワシ目 (1.557億年前～)
- Order ソトイワシ目
- Order ソコギス目
- Order ウナギ目 (ウナギ,マアナゴ,ウツボ; 1.12億年前～)
- Suborder ウナギ亜目 (ウナギ、ウツボ)
- Suborder アナゴ亜目 (アナゴ、ハモ)
- Suborder シギウナギ亜目
- Suborder ホラアナゴ亜目
- Order フウセンウナギ目
- Suborder ヤバネウナギ亜目
- Suborder フウセンウナギ亜目
- Superorder ニシン上目
- Order ニシン目 (カタクチイワシ、ニシン; 1.25億年前～)
- Superorder 骨鰾上目
- Order ネズミギス目 (ネズミギス,サバヒー)
- Suborder サバヒー亜目
- Suborder ネズミギス亜目
- Suborder クネリア亜目
- Order コイ目 (ドジョウ、コイ; 1.508億年前～)
- Order カラシン目 (ピラニア,テトラ; 0.996億年前～)
- Order デンキウナギ目
- Suborder デンキウナギ亜目
- Suborder ステルノピュグス亜目
- Order ナマズ目 (0.935億年前～)
- Superorder 原棘鰭上目
- Order サケ目 (1.25億年前～)
- Order カワカマス目 (カワカマス,パイク)
- Order キュウリウオ目 (アユ)
- Suborder ニギス亜目
- Suborder キュウリウオ亜目
- Superorder 狭鰭上目
- Order シャチブリ目
- Order ワニトカゲギス目
- Suborder ヨコエソ亜目
- Suborder ギンハダカ亜目
- Superorder 円鱗上目
- Order ヒメ目 (エソ)
- Suborder ミズウオ亜目
- Suborder アオメエソ亜目
- Suborder ボウエンギョ亜目
- Suborder ヒメ亜目
- Superorder ハダカイワシ上目
- Superorder アカマンボウ上目
- Order アカマンボウ目 (アカマンボウ、リュウグウノツカイ)
- Superorder ギンメダイ上目
- Superorder 側棘鰭上目
- Order サケスズキ目
- Order ガマアンコウ目 (1.196億年前～)
- Order アンコウ目 (アンコウ、チョウチンアンコウ)
- Suborder カエルアンコウ亜目
- Suborder アンコウ亜目
- Suborder アカグツ亜目
- Order タラ目 (マダラ、スケトウダラ)
- Order アシロ目 (イタチウオ)
- Superorder 棘鰭上目
- Order ボラ目
- Order トウゴロウイワシ目
- Order ダツ目 (サンマ、トビウオ、メダカ)
- Suborder メダカ亜目
- Suborder ダツ亜目 (ダツ、サンマ、トビウオ、サヨリ)
- Order クジラウオ目
- Order カダヤシ目 (グッピー、ヨツメウオ; 0.706億年前～)
- Suborder アプロケイルス亜目
- Suborder キュプリノドン亜目
- Order カンムリキンメダイ目
- Order キンメダイ目 (0.996億年前～)
- Suborder キンメダイ亜目
- Suborder イットウダイ亜目
- Suborder ヒウチダイ亜目
- Order マトウダイ目
- Suborder マトウダイ亜目
- Suborder ヒシダイ亜目
- Order ウバウオ目
- Order トゲウオ目 (イトヨ、タツノオトシゴ、ヨウジウオ)
- Order ヨウジウオ目
- Order タウナギ目
- Order フグ目 (1.612億年前～)
- Suborder ベニカワムキ亜目
- Suborder モンガラカワハギ亜目 (モンガラカワハギ、カワハギ、ハコフグ)
- Suborder フグ亜目 (フグ、ハリセンボン、マンボウ)
- Order カレイ目 (1.3億年前～)
- Suborder ボウズガレイ亜目
- Suborder カレイ亜目 (カレイ、ヒラメ)
- Suborder ウシノシタ亜目 (ササウシノシタ)
- Order カサゴ目
- Suborder セミホウボウ亜目
- Suborder カサゴ亜目 (カサゴ、メバル,オコゼ)
- Suborder コチ亜目 (マゴチ)
- Suborder ギンダラ亜目
- Suborder アイナメ亜目 (アイナメ、ホッケ)
- Suborder カジカ亜目
- Suborder ノルマニクテュス亜目
- Order スズキ目 (1.996億年前～)
- Suborder ニザダイ亜目
- Suborder スズキ亜目 (テンジクダイ、チョウチョウウオ、シイラ、イサキ、フエダイ、イシダイ、キンチャクダイ、ハタ、タイ)
- Suborder エラッソマ亜目
- Suborder ベラ亜目 (ベラ、スズメダイ、ブダイ)
- Suborder ゲンゲ亜目 (オオカミウオ)
- Suborder ノトテニア亜目
- Suborder ワニギス亜目 (ハタハタ)
- Suborder ギンポ亜目 (ギンポ、ナベカ、ヘビギンポ)
- Suborder イレズミコンニャクアジ亜目
- Suborder ウバウオ亜目
- Suborder ネズッポ亜目 (コチ、ネズミゴチ)
- Suborder ハゼ亜目
- Suborder コモリウオ亜目
- Suborder ニザダイ亜目 (アイゴ、ニザダイ)
- Suborder ムカシクロタチ亜目
- Suborder サバ亜目 (サバ、マグロ、メカジキ、マカジキ)
 カジキ  マグロ
- Suborder イボダイ亜目 (イボダイ、マナガツオ)
- Suborder キノボリウオ亜目 (ベタ、キノボリウオ)
- Suborder タイワンドジョウ亜目 (ライギョ)
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